ניכוי מס במקור מתייחס לחובה החלה על המשלם לנכות מס הכנסה מהתשלום למוטב, ולהעביר לרשויות המס את הסכום שנוכה. למעשה חובת המס היא של המוטב הזכאי לתשלום, אך החובה לנכות את המס, באופן מלא או חלקי, חלה על המשלם.

אישור על ניכוי מס במקור - הוא בעצם אישור שמורה ללקוח שלך (זה שצריך לשלם לך כסף), כמה מס הכנסה עליו לנכות מהסכום המשולם לך.

המס במקור שמנוכה לך, הוא על חשבון המס השנתי.
את הטופס על ניכוי מס במקור יש לקבל מפקיד השומה.
בסוף השנה יש לקבל מהלקוח אישור שנתי על המס במקור שנוכה לך, ולצרף אותו לדוח השנתי.

לדוגמה:
במידה ואתם אמורים לקבל 100 שקלים מלקוח בגין שירות שנתתם לו, ובמידה ויש לכם 5% פטור מניכוי מס במקור, אז הלקוח אמור להעביר לכם רק 95 שקלים (במקום 100), כאשר את ה-5 שקלים הפרש הוא מעביר למס הכנסה. בסוף שנה, הלקוח יעביר לכם אישור שנתי בו יהיה רשום שהוא ניכה לכם 5 שקלים בשנת המס. את האישור הזה שתקבלו מהלקוח, יש לצרף לדוח השנתי.

חשוב לזכור, במידה וקיבלת פטור מלא מניכוי מס במקור, זה לא אומר שאתה לא חייב במס, אלא שמס הכנסה "סומך" עליך, שבמידה ותגיע לחבות מס, תשלם את חובותיך.